Localizado na Praça Sagrada, na então principal Seção Urbana de Machu Picchu, o Templo das Três Janelas é uma grande estrutura lítica construída com três paredes. A longa parede principal possui três grandes janelas orientadas a leste, e as duas paredes laterais mais curtas foram usadas para apoiar a viga principal do telhado.
Há muitas teorias sobre por que este edifício tem três janelas, a maioria das quais vem de crônicas antigas escritas por conquistadores espanhóis e nativos proeminentes nobres; todos parecem se contrair. Hiram Bingham acreditava que as três janelas simbolizavam o local de origem dos Incas. Sua teoria foi baseada nas palavras escritas do cronista Pachakuti Yanki Salqamayhua, que diz que após o grande sucesso de Manco Cápac (o lendário primeiro governante Inca) ao criar o Império Inca, ele mesmo ordenou a construção do templo. As três janelas deveriam representar as três janelas da casa de seus pais. Curiosamente, de acordo com a mitologia inca Manco Cápac e sua irmã Mama Ocllo foram enviados do céu, não da casa de seus pais!